Монастырь был основан в 1371 г. Дмитрием Прилуцким. Он пришел сюда из Переславля-Залесского, где в течение 20 лет был игуменом основанного им Никольского монастыря.
В 1541 г. Иван IV освободил монастырские вотчины от податей на 5 лет, чтобы обитель собрала деньги на строительство каменного Спасского собора взамен сгоревшего деревянного. Этот храм стал первым каменным храмом Вологды.
В 1612 г. поляки сожгли в трапезной 59 монахов, всего было убито более 200 человек и уничтожен монастырский архив.
По просьбе настоятеля царь Алексей Михайлович и патриарх Никон к 1656 г. обнесли монастырь мощной каменной стеной с башнями.
На территории монастыря сохранились: Спасский собор (1542), соборная колокольня (1537-1656), Введенская церковь (начало XVII в.), надвратная Вознесенская церковь (1590) с колокольней (1730), деревянная Успенская церковь (1519), перевезенная из Александро-Куштского монастыря, и другие постройки.
К сожалению, туристы при посещении монастыря столкнутся с массой сложностей: в монастыре запрещена фото- и видеосъемка (не говоря уже о мобильных телефонах и брюках у женщин), ворота закрыты на замок, а для входа нужно постучаться в окошко привратника и прикинуться паломниками (чего мы делать не стали, спокойно осмотрев ансамбль монастыря снаружи). Вот и получается, что абсолютно уникальный архитектурный ансамбль практически недоступен для нормального осмотра/фотографирования людьми, интересующимися историей и архитектурой.
Радует лишь то, что Кирилло-Белозерский монастырь, примерно равнозначный по уникальности, пока еще не разделил участь Спасо-Прилуцкого монастыря.
Доехать до монастыря можно автобусами 101, 103, 29. Остановка почти у самого монастыря. Такси брать не советуем: цены грабительские.
